1、主要讲述一场霍乱使性情乖戾的玛丽成了孤儿，她只得被送往远在英国的约克郡的密素斯特庄园和姨父克雷文先生一起生活。克雷文先生伤心妻子之死，变得阴郁古怪消沉遁世，他的庄园里有上百间被锁闭的房子，有十年不许人人进入的秘密花园。
2、玛丽意外地在知更鸟的帮助下找到这个秘密花园的大门和钥匙，并且，她还听到了一个神秘的哭声，吸引着她去探索庄园之谜。
3、玛丽在迪肯的帮助下，使荒芜的花园重现生机。不久，被认为离死不远的庄园小主人科林也参加了进来。大自然的力量改变了一切，长年笼罩在阴霾之下的古老庄园及其主人也一同获得了新生。