窦性心律不齐的病发原因，可以分为病理性和非病理性的。
第一种，原因尚不清楚，没有特别原因，可能和情绪不稳定或服用一些药物有关。
第二种，当吸气的时候，人的交感神经张力会变高，心脏跳动的频率也会加速。当呼气时迷走神经张力变高，其心脏跳动的频率会随之减速。而心率失常一般儿童、青年和老人的犯病会偏高，这属于一种正常的生理现象。
第三种，窦性心律不齐与心室收缩排血有关，心室收缩排血不规律能够导致窦房结血液供应不平衡，进而使得窦房结的自律性发生改变导致诱发。
第四种，异位心率会导致窦性心律不齐的发作。由于来自心房的异位激动，这有时可能会导致提早发生窦房结的激动，然后窦房结受到抑制，从而出现因为异位激动导致窦性心律不齐的发作。