过滤或加热。
1、清除杂质：对于固体杂质，例如沙子或是蚂蚁，可以用过滤的方法，找来干净的过滤材料（过滤棉、过滤纱布等），再找来一个漏斗，然后把过滤材料折成漏斗状放进漏斗里，把混进了杂质的第二代生物柴油倒进漏斗里即可。
2、清除水分：生物柴油油中混入水分，很容易导致油脂发臭，因此油进水后，要除去水分，可以用加热蒸发水分的方法去掉，把第二代生物柴油倒进热锅里，最好是用能控制温度的锅，锅的温度控制在100摄氏度左右，一边加热一边搅拌，有水分的柴油在热锅里会冒泡的，一直加热到油不冒泡，即可彻底去除水分。
