施工合同主体纠纷的原因主要有：
1、承包人未取得建筑业企业资质或者超越资质等级；
2、发包人拖欠工程款；
3、建设工程必须进行招标而未招标或者中标无效等原因。
一、只有什么情形才会导致施工合同的订立无效
施工合同无效的情形有：承包人未取得建筑施工企业资质或超越资质等级的；存在违法发包、转包、挂靠、分包行为的；建设工程必须进行招标而未招标或中标无效的；违反招标投标效力规定的；违反工程建设标准规定的；低于成本价中标的；未取得许可证签订建设工程施工合同的。
二、合同约定的工期延误，承包人如何处理？
合同约定的工期延误，承包人处理如下：应当证明延误的原因不是自身原因造成的，否则应当承担工期延误的违约责任或者赔偿责任，承包人不应被动等待施工条件的恢复和放任损失的扩大，也不应只是口头报告或联系发包人，而应积极采取措施，根据合同约定及时向发包人提交书面报告，及时取得申请工期延误的签证，并及时收集其他造成工期延误的证据。工期延期又称为工程延误或进度延误，是指工程实施过程中任何一项或多项工作的实际完成日期迟于计划规定的完成日期，从而可能导致整个合同工期的延长，因施工人的原因致使建设工程质量不符合约定的，发包人有权请求施工人在合理期限内无偿修理或者返工、改建。经过修理或者返工、改建后，造成逾期交付的，施工人应当承担违约责任。
三、承包人与发包人分别是谁？
1、承包人是指被发包人接受的具有工程施工承包主体资格的当事人以及取得该当事人资格的合法继承人。承包人有时也称承包单位、施工企业（《建筑法》）、施工人（法律）。承包人的工程承包主体资格除满足法律关于合同主体资格的要求外，还要满足《建筑法》关于施工合同承包人主体资格的要求。施工合同的承包人必须具有企业法人资格，同时持有工商行政管理机关核发的营业执照和建设行政主管部门颁发的资质证书，在核准的资质等级许可范围内承揽工程。2、发包人是指具有工程发包主体资格和支付工程价款能力的当事人以及取得该当事人资格的合法继承人。发包人有时称发包单位、建设单位或业主、项目法人。
【本文关联的相关法律依据】
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第一条
建设工程施工合同具有下列情形之一的，应当依据民法典第一百五十三条第一款的规定，认定无效：
（一）承包人未取得建筑业企业资质或者超越资质等级的；
（二）没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义的；
（三）建设工程必须进行招标而未招标或者中标无效的。
承包人因转包、违法分包建设工程与他人签订的建设工程施工合同，应当依据民法典第一百五十三条第一款及第七百九十一条第二款、第三款的规定，认定无效。