非理性的行政行为可能会对组织运营和决策产生多种负面影响。首先，非理性的行政行为可能导致资源的浪费。比如，管理者偏好某种方案而不顾其他更优选项，导致资源被浪费在不必要的地方。其次，非理性的行政行为可能导致决策错误。管理者在做出决策时如果情绪化、主观偏见等，可能会导致错误决策，影响组织整体运营效果。此外，非理性的行政行为可能会影响员工积极性和士气，因为员工可能会觉得管理者的决策不公正或不合理，从而影响他们对工作的投入和表现。
为了避免非理性的行政行为对组织运营和决策产生负面影响，管理者可以采取以下方法：建立科学的决策机制，如引入数据分析、决策模型等工具，避免主观偏见；加强团队合作与沟通，鼓励员工提出建议和异议，避免单一决策者的非理性行为；建立明确的绩效评估机制，将决策和行为的结果与绩效挂钩，激励管理者进行理性决策。
一个案例是某公司在产品开发上遇到了困难，管理者出于个人偏好坚持使用一种不成熟的技术方案，导致项目进展缓慢，资源浪费严重。后来通过团队讨论和数据分析，发现另一种技术方案更加成熟和适合，最终决定改变方案，并取得了成功。