申请个人所得税退税是没有什么不好的影响的，只要是按实际收入来申报的，不存在偷税漏税，或者虚假申报，骗税的情况申请退税的话是没有不良影响的。申请个人所得税退税是非常简单的，通过个人所得税APP登录之后，按照提示操作，可以快速的知晓自己是可以退税还是需要补税。
法律依据：《中华人民共和国个人所得税法》第十四条扣缴义务人每月或者每次预扣、代扣的税款，应当在次月十五日内缴入国库，并向税务机关报送扣缴个人所得税申报表。纳税人办理汇算清缴退税或者扣缴义务人为纳税人办理汇算清缴退税的，税务机关审核后，按照国库管理的有关规定办理退税。