农民工工伤纠纷的部门归属及赔偿流程：农民工可向统筹地区人社局申请工伤认定，向市级劳动能力鉴定委员会申请劳动能力鉴定，向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。单位应在事故发生后15日内向劳动行政部门报告，否则工伤者需在一年内自行申请。经办机构调查认定后，通知单位和伤者。工伤鉴定后，评定伤残等级。有工伤保险的由国家机构发放待遇，无保险的与单位协商解决。若协商不成，可提起仲裁或诉讼。
法律分析
一、农民工工伤纠纷找哪个部门
1、工伤认定向统筹地区人力资源社会保障局申请，劳动能力鉴定向设区的市级劳动能力鉴定委员会申请，与用人单位就工伤保险待遇发生争议向用人单位住所地或者工伤职工工作地劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
2、法律依据：根据《工伤保险条例》第十七条的规定，用人单位应在意外伤害发生之日起30日内，为工人申请工伤认定，如单位不出工人申请的，工伤工人在意外伤害发生之日起1年内，自己到单位所在地劳动部门申请工伤认定。
二、工伤赔偿流程怎么走
1、单位应当自工伤事故发生之日或者职业病确诊之日起15日内，向当地劳动行政部门提出工伤报告。
2、单位没有提起工伤认定的，工伤者一定要在事故发生之日起一年内向劳动部门提出申请。社保经办机构调查认定后，书面通知单位及伤者。
3、在申请工伤鉴定的职工被认定为工伤的基础上(即走完工伤认定程序后)，在其医疗终结或医疗期满之后，由县以上劳动鉴定委员会对其进行的评定伤残等级的行为。
4、单位投了工伤保险的，就直接由国家工伤保险机构依据标准发放工伤保险待遇。没有投保的，则依据标准与用人单位协商解决。
5、与用人单位协商解决不了的，则可以依据劳动仲裁法规提起仲裁程序，对劳动仲裁不服的，可以向法院提起诉讼解决。对一审法院判决不服的，可以依法向二审法院提起上诉。
结语
农民工工伤纠纷的处理程序包括向相关部门申请工伤认定、提出工伤报告、申请工伤鉴定等。根据法律规定，单位应及时提起工伤认定并报告当地劳动行政部门。工伤者如单位未提起认定，可在一年内向劳动部门提出申请。经过工伤认定程序后，伤残等级评定完成后，根据是否投保工伤保险，可由国家工伤保险机构或与用人单位协商解决待遇发放。如协商不成，可提起劳动仲裁或诉讼程序解决。
法律依据
工伤保险条例（2010修订）：第一章 总 则 第六条 社会保险行政部门等部门制定工伤保险的政策、标准，应当征求工会组织、用人单位代表的意见。
工伤保险条例（2010修订）：第一章 总 则 第二条 中华人民共和国境内的企业、事业单位、社会团体、民办非企业单位、基金会、律师事务所、会计师事务所等组织和有雇工的个体工商户（以下称用人单位）应当依照本条例规定参加工伤保险，为本单位全部职工或者雇工（以下称职工）缴纳工伤保险费。
中华人民共和国境内的企业、事业单位、社会团体、民办非企业单位、基金会、律师事务所、会计师事务所等组织的职工和个体工商户的雇工，均有依照本条例的规定享受工伤保险待遇的权利。
工伤保险条例（2010修订）：第五章 工伤保险待遇 第四十三条 用人单位分立、合并、转让的，承继单位应当承担原用人单位的工伤保险责任；原用人单位已经参加工伤保险的，承继单位应当到当地经办机构办理工伤保险变更登记。
用人单位实行承包经营的，工伤保险责任由职工劳动关系所在单位承担。
职工被借调期间受到工伤事故伤害的，由原用人单位承担工伤保险责任，但原用人单位与借调单位可以约定补偿办法。
企业破产的，在破产清算时依法拨付应当由单位支付的工伤保险待遇费用。