法律分析：两个公司的分公司经过法定程序，即可以合并。根据相关规定，分公司一般不具有法人资格，其民事责任由公司承担。两个公司的分公司可以跟随各自总公司的行为进行合并，但不可脱离总公司的行为单独进行合并。公司合并可以采取吸收合并或者新设合并。
一、施工合同可以和分公司签吗
施工合同可以和分公司签。虽然分公司不具备法人资格，但分公司可以以总公司的名义签订施工合同，其民事责任也由总公司承担。建设工程合同是承包人进行工程建设，发包人支付价款的合同，公司可以设立分支机构，设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具备法人资格，其民事责任由公司承担。
二、总公司与分公司之间的关系是什么
总公司与分公司之间一般表现为是总机构与分机构的关系，具有从属的特性。因为分公司不具有企业法人资格，不具有独立的法律地位，不独立承担民事责任。总公司管理分公司，对所属分公司在生产经营、资金调度、人事管理等方面行使指挥。
总公司与分公司的区别有3点，分别是：
1、法律地位不同。分公司不具有法人资格，不独立承担民事责任。而总公司具有法人资格，可以独立承担民事责任；
2、领取的营业执照不同。总公司领取的是企业法人营业执照，有法定代表人姓名字样。而分公司领取的是营业执照，有负责人字样；
3、分公司没有自己的独立财产，而总公司有。
三、分公司注销后的责任由谁承担
分公司注销后的责任由总公司承担。分公司不具备企业法人资格，其民事责任由总公司承担。因此，分公司注销后，债权债务由总公司承担。根据《公司法》规定，公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具备法人资格，其民事责任由公司承担。公司可以设立子公司，具有法人资格，依法独立承担民事责任。
法律依据：《中华人民共和国公司法》第十四条
公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。
分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。
第一百七十二条
公司合并可以采取吸收合并或者新设合并。一个公司吸收其他公司为吸收合并，被吸收的公司解散。两个以上公司合并设立一个新的公司为新设合并，合并各方解散。