法律分析：
实际上班按旷工处理是不合法的，打卡是公司的管理制度，如果有其他处罚则属于企业内部问题，只要不违法就应当尊重，但是，上了班视为旷工的制度显然超出了企业自治的范围，所以不合法。
法律依据：
《中华人民共和国劳动合同法》 第三十二条 劳动者拒绝用人单位管理人员违章指挥、强令冒险作业的，不视为违反劳动合同。劳动者对危害生命安全和身体健康的劳动条件，有权对用人单位提出批评、检举和控告。
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