如果债权人对债权债务纠纷问题不同意协议的，双方可以通过以下方式解决：
1、申请仲裁。债权人与债务人签订仲裁协议的，可以到仲裁协议约定的仲裁机构申请仲裁解决债务纠纷。
2、申请调解。债权人和债务人可以向人民调解委员会申请解决，解决双方产生的债务纠纷。
3、向人民法院提起民事诉讼。债权债务纠纷是指因财产关系产生的纠纷，适用民事诉讼法的规定，所以提起民事诉讼是解决财产纠纷最为有效的方法。
通过上文的分析，解决债权债务纠纷的途径是比较多的，提起民事诉讼是最为有效的方法，但需要经过法律程序，所以过程是比较麻烦的。