法律分析：
在民事诉讼中，被告人对赔偿方式有意见时，应当首先尝试通过协商解决。但是，如果双方无法达成一致，可以向法院提起诉讼，由法院根据具体情况作出判决。
法律依据：
1.《中华人民共和国民事诉讼法》第一百零三条规定：“当事人可以达成和解协议，自愿解决争议。”
2.《中华人民共和国民事诉讼法》第一百一十三条规定：“当事人对判决、裁定有异议的，可以在判决、裁定书送达之日起十五日内向上一级人民法院提出上诉。”
3.《中华人民共和国民事诉讼法》第一百一十四条规定：“当事人不服第一审判决、裁定的，可以在判决、裁定书送达之日起十五日内向本院申请再审。”
结论：
当被告人对赔偿方式有异议时，双方应当尝试通过协商解决。如果协商无法达成一致，可以依法向法院提起诉讼，由法院根据具体情况作出判决。