云南农村合作医疗在门诊和住院方面的报销比例和流程有所不同。普通门诊医药费补偿比例为55%，每人每日不超过40元，每年补偿限额为100元。大额门诊医疗费用的起付线为2000元，超过起付线后，门诊医药费用按照25%予以补偿。住院医药费的结报程序及时限需在出院时由所在医院按照补偿相关规定给予实时结报。参加农村合作医疗者出院以后需将新型农村合作医疗卡、身份证、转院转诊单等材料交镇乡财政所初审，由市合管办审核结报。补偿标准包括起付线和补偿比例。在市外医院住院的起付线为600元，市区二甲医院起付线为400元，市内其它定点医院起付线为100元。补偿比例根据医院级别不同而有所差异，其中二甲医院按75%补偿，定点医院按90%补偿。每人每年累计补偿最高限额为200000元。此外，农村合作医疗不能补交。每年缴纳时间为每年的11月份到12月份尾，生效时间为次年的1月1日。因此，农民参加合作医疗必须在每年11-12月参保，次年补交只能在下一年才能生效。
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