向最后处理的机关申请赔偿
公安机关对公民采取刑事拘留措施后，检察机关又采取批准逮捕措施。或者对公民采取刑事拘留和逮捕措施后，审判机关曾作出有罪判决，在公民最终确定无罪的情形下，谁来进行赔偿?
这在实践中由谁作为赔偿义务机关存在不同认识。
《解释》为了方便赔偿请求人申请国家赔偿，规范国家赔偿处理程序，采取赔偿义务机关后置设定方式，明确了以有罪方式作出过最后处理的国家机关为赔偿义务机关。
如对公民采取刑事拘留措施后又采取逮捕措施，国家承担赔偿责任的，作出逮捕决定的机关为赔偿义务机关。又如对公民采取拘留和逮捕措施后，法院一审判决有罪，二审发回重审后作无罪处理的，作出一审有罪判决的人民法院为赔偿义务机关。
一、检察院不起诉可以申请国家赔偿吗？
检察院不起诉可以申请国家赔偿。
《国家赔偿法》
第十七条行使侦查、检察、审判职权的机关以及看守所、监狱管理机关及其工作人员在行使职权时有下列侵犯人身权情形之一的，受害人有取得赔偿的权利：
（一）违反刑事诉讼法的规定对公民采取拘留措施的，或者依照《刑事诉讼法》规定的条件和程序对公民采取拘留措施，但是拘留时间超过《刑事诉讼法》规定的时限，其后决定撤销案件、不起诉或者判决宣告无罪终止追究刑事责任的；
（二）对公民采取逮捕措施后，决定撤销案件、不起诉或者判决宣告无罪终止追究刑事责任的；
（三）依照审判监督程序再审改判无罪，原判刑罚已经执行的；
（四）刑讯逼供或者以殴打、虐待等行为或者唆使、放纵他人以殴打、虐待等行为造成公民身体伤害或者死亡的；
（五）违法使用武器、警械造成公民身体伤害或者死亡的。
第十八条行使侦查、检察、审判职权的机关以及看守所、监狱管理机关及其工作人员在行使职权时有下列侵犯财产权情形之一的，受害人有取得赔偿的权利：
（一）违法对财产采取查封、扣押、冻结、追缴等措施的；
（二）依照审判监督程序再审改判无罪，原判罚金、没收财产已经执行的。
第十九条属于下列情形之一的，国家不承担赔偿责任：
（一）因公民自己故意作虚伪供述，或者伪造其他有罪证据被羁押或者被判处刑罚的；
（二）依照《刑法》第十七条、第十八条规定不负刑事责任的人被羁押的；
（三）依照《刑事诉讼法》第十五条、第一百七十三条第二款、第二百七十三条第二款、第二百七十九条规定不追究刑事责任的人被羁押的；
（四）行使侦查、检察、审判职权的机关以及看守所、监狱管理机关的工作人员与行使职权无关的个人行为；
（五）因公民自伤、自残等故意行为致使损害发生的；
（六）法律规定的其他情形。
二、国家赔偿处理哪个机构
需要依情况进行具体分析。1、行政机关及其工作人员行使行政职权侵犯公民、法人和其他组织的合法权益造成损害的，该行政机关为赔偿义务机关；等。刑事赔偿的赔偿义务机关：1、对公民采取拘留措施，作出拘留决定的机关为赔偿义务机关等。