无民事行为能力人的配偶离婚不能通过协议离婚，可以由有关部门调解，也可以向法院提起离婚诉讼。如果是间歇性精神病人，可以在其清醒的时候进行离婚诉讼；如果是完全不能辨认自己行为的精神病人，需要由其法定代理人代理参加离婚诉讼。
【法律依据】
《民法典》第二十一条第一款
不能辨认自己行为的成年人为无民事行为能力人，由其法定代理人代理实施民事法律行为。
第一千零七十九条第一款、第二款
夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（一）重婚或者与他人同居；
（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。