建筑工程合同工程量不公平的处理：当事人对工程量有争议的，按照施工过程中形成的签证等书面文件确认。承包人能够证明发包人同意其施工，但未能提供签证文件证明工程量发生的，可以按照当事人提供的其他证据确认实际发生的工程量。
【法律依据】
《建设工程质量管理条例》第七十八条
本条例所称肢解发包，是指建设单位将应当由一个承包单位完成的建设工程分解成若干部分发包给不同的承包单位的行为。
本条例所称违法分包，是指下列行为：
（一）总承包单位将建设工程分包给不具备相应资质条件的单位的；
（二）建设工程总承包合同中未有约定，又未经建设单位认可，承包单位将其承包的部分建设工程交由其他单位完成的；
（三）施工总承包单位将建设工程主体结构的施工分包给其他单位的；
（四）分包单位将其承包的建设工程再分包的。