5000不扣个税。5000元工资是不需要缴纳个人所得税，其刚好属于个税的起征数额。计算公式，应纳税所得额
=
工资收入金额
－
各项社会保险费
－
起征点（5000元）。应纳税额
=
应纳税所得额
x
税率
－
速算扣除数。根据公式，工资5000应该交的税=（5000-5000）*3%-0=0元。
《中华人民共和国个人所得税法》
第三条
个人所得税的税率：
（一）综合所得，适用百分之三至百分之四十五的超额累进税率（税率表附后）；
（二）经营所得，适用百分之五至百分之三十五的超额累进税率（税率表附后）；
利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得，适用比例税率，税率为百分之二十。