新农合升级要等多久是根据具体情况决定。
根据时间的不同，所以需要的时间也不同，具体要看系统，基本上都是一天左右。新型农村合作医疗（简称“新农合”）是指由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。其采取个人缴费、集体扶持和政府资助的方式筹集资金。
新型农村合作医疗制度是以大病统筹兼顾小病理赔为主的农民医疗互助共济制度。新型农村合作医疗制度是救助农民的疾病医疗费用的而门诊、跌打损伤等不在该保险范围内。
大病保险的保障范围要与城镇居民医保、新农合相衔接。城镇居民医保、新农合应按政策规定提供基本医疗保障。在此基础上，大病保险主要在参保（合）人患大病发生高额医疗费用的情况下，对城镇居民医保、新农合补偿后需个人负担的合规医疗费用给予保障。高额医疗费用，可以个人年度累计负担的合规医疗费用超过当地统计部门公布的上一年度城镇居民年人均可支配收入、农村居民年人均纯收入为判定标准，具体金额由地方政府确定。合规医疗费用，指实际发生的、合理的医疗费用（可规定不予支付的事项），具体由地方政府确定。各地也可以从个人负担较重的疾病病种起步开展大病保险。
新农合大病保险起付线以上的合规医疗费用5万元（含5万元）以下，支付比例为50%；5万元以上至10万元（含10万元），支付比例55%；10万元以上支付比例60%；按医疗费用高低分段制定支付比例，原则上医疗费用越高支付比例越高。
法律依据
《中华人民共和国社会保险法》
第二条 国家建立基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险等社会保险制度，保障公民在年老、疾病、工伤、失业、生育等情况下依法从国家和社会获得物质帮助的权利。