医疗卡里的钱年底不会清零。医保卡里面的钱是不断积累的，持卡人若是没有用医保卡里的钱，钱会一直存储在卡里，不会清零。凡是缴纳了医疗保险的人员，只要是打入个人社保卡里的钱，都属于个人账户所有，是不存在清零的情况的。
《医疗保障基金使用监督管理条例》第十一条
医疗保障经办机构应当与定点医药机构建立集体谈判协商机制，合理确定定点医药机构的医疗保障基金预算金额和拨付时限，并根据保障公众健康需求和管理服务的需要，与定点医药机构协商签订服务协议，规范医药服务行为，明确违反服务协议的行为及其责任。
医疗保障经办机构应当及时向社会公布签订服务协议的定点医药机构名单。
医疗保障行政部门应当加强对服务协议订立、履行等情况的监督。