发酵工程的发展历史可以追溯到古代，人类最早就开始了利用自然微生物发酵的过程，例如制作酒、面包、醋和酸奶等食品以及发酵燃料和药物等。
到了20世纪初，发酵工业得到了快速发展，人们开始研究微生物的生物学和生理学特性，生产菌种、改进培养基和发酵设备等。随着科技的进步和工业化的需要，发酵工程也不断发展。下面是发酵工程的发展简史：
20世纪初：利用发酵技术生产酵母、醋酸和酵母抽提物等工业品，开展在培养基、气体混合和温度控制等方面的研究。
20世纪20年代：采用搅拌、曝气和发泡等技术改进发酵设备；发现酵母的酒精耐受性，提高了乙醇的产量；建立了系统的微生物鉴定方法等。
20世纪50年代：出现了大规模生产青霉素和链霉素等抗生素的新型发酵工艺，在酵母生产和醋工业中实现了自动化。
20世纪60年代：发明了离心分离、固态发酵、溶液筛选等新技术，推动了发酵工艺的发展和改进；建立了多生产菌株发酵的方法，提高了产品的多样性和效益。
20世纪80年代：引入计算机控制技术，实现了实时监测和自动控制；出现了基因工程技术，使得发酵过程中菌株的改良、代谢途径的优化等变得更为精确和高效。
21世纪以来：发酵工程已经成为一门综合性的学科，涵盖了微生物学、生化学、工程学、计算机技术等多个领域。随着工业化生产的需求和科技的不断进步，发酵工程将继续不断发展和创新。