金边透红小丑鱼产卵之后，雄鱼会紧跟着放出精子，交替至产卵结束。受精的卵，外膜透明，卵黄呈橘色。在金边透红小丑鱼卵孵化过程中，小丑夫妇会交互以口吹或者是通过胸鳍、尾鳍来出去卵上的脏东西，使得鱼卵充分接触氧气，雄鱼一般在后期都会更加勤快。
大约10天左右，就可以清楚的看到卵囊内的眼睛，10—14天即可孵出。金边透红小丑鱼孵出后非常脆弱，有强烈的避光性，因此需要离开它的爸爸妈妈，避开水流，但是坚持规律换水，pH及温度要稳定。孵化出的金边透红小丑鱼，可以喂食轮虫加VG喂食，每日1次。5天后可以喂食轮虫加刚孵化出的年虾即可，一天喂食2次。15天后，可以单喂丰年虾，一个月后，就可以喂食少量的蛤蜊肉喂食。