采血时间不同、对苯丙酮尿症的影响、对先天性甲状腺功能低下的影响不同。新生儿足底血48小时和72小时区别有：
1,、采血时间不同：要求在新生儿充分喂奶后满72小时采血，如果在出生后48小时进行检测容易出现假阴性或假阳性结果。
2、对苯丙酮尿症的影响：苯丙酮尿症是一种遗传病，如在出生后48小时进行检测，底物不足可能造成新生儿患病未被检出。
3、对先天性甲状腺功能低下的影响：新生儿在出生后72小时后，促甲状腺激素会恢复到正常水平，如在出生后48小时进行检测，可能出现假阳性结果，误诊先天性甲状腺功能低下。
足根血采集一般最晚不能够超过三个月，一般来讲对于新生儿，可以等到48小时之后进行足跟血的采集，这样能够进行一些疾病的筛查，然后早期发现积极的进行治疗，所以一般需要尽早的进行采集足跟血。
