由于浅层地热能利用比传统地热资源利用发展晚，且涉及多领域、多行业，其在开发利用过程中也存 在一些问题。
1. 工程前期未进行浅层地热能资源勘查评价
《地源热泵系统工程技术规范》（GB50366-2005）强制要求地源热泵系统方案设计前，应进行工程场 地现状调查，并对浅层地热能资源进行场地勘察。
然而，很多工程设计前都没有进行勘察工作，一方面在地下水地源热泵不适宜区采用了此换热方式，造 成系统建成后产生耗电量大、系统COP 低、运行不稳定、回灌困难，甚至系统报废等问题；另一方面根 据其经验布设换热孔，导致大量浪费。 2. 设计参数依据不足
部分地源热泵工程由热泵提供方进行设计，一些商家在设计时，完全凭借经验，以最简单的估计模式去 设计系统，不少企业在设计时并没有做负荷分析，只是简单地选择一个经验数据。由于设计参数依据不 足，导致一些系统设计出现“大马拉小车”或者设计负荷不足的现象。 3. 缺乏可靠的技术支撑
第一，地下水回灌技术不够完善，成井工艺有待提高。地下水地源热泵工程的成井口径、填砾层厚度、 滤水管类型及滤料的选用对回灌量均有较大影响，大多数施工单位未掌握回灌井施工技术，特别是成井口径、填砾层厚度、滤水管类型及滤料的选用等，造成许多井不能正常回灌； 第二，部分用户取水系统的设计、安装存在一些问题。部分用户设备安装不配安装密封性差，回灌困难 ，大部分单位每年都需洗井；
第三，部分用户水源井地层层位的确存在较大的问题，特别是选用第Ⅱ含水组地层做为采灌井利用层位 时，普遍存在水位偏浅，回灌困难的问题；
第四，部分热泵运行管理不够完善，导致回灌运行管理不规范。一些单位缺乏基本的常识，近1/3 工程 运行不回扬，多数工程运行记录不完整（多无抽水及回灌水水温、水量、水位），有些工程存在混层采灌水的问题。 4. 管理体制不健全
浅层地热能开发利用行政监督管理主体不明确，监督管理所依据的法律、法规、政策、标准欠缺，造成 浅层地热能开发利用秩序混乱。主要表现在项目没有报批登记手续，不按地质条件开发，施工队伍资质 、施工过程监管空白，验收标准不统一。 5. 缺乏对浅层地热能资源开发利用动态监测
近年来，全国各地建成了大量的地源热泵系统，但尚未建立地源热泵地下换热系统监测体系，缺少对地 源热泵系统中温度、水位、水质等动态变化的监测，无法评价浅层地热能资源开发利用对地质环境的影 响；大多数地源热泵工程系统中都没有安装必要的节能计量装置，如温度表、流量计、功率表等，使得 项目的节能计算工作存在一定困难，同时也不便于管理部门的进一步节能评定工作。
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