（一）村民自治制度立法不完善
村民自治条文与地方各级人民代表大会和地方各级人民政府的条文放在宪
法的同一章节之中，容易使人产生错觉认为村民委员会是我国的一级基层政权，享有国家的行政管理权，实际上村民委员会属于基层群众自治组织，不是基层政府机关。
我国刑法、行政处罚法、治安管理处罚法规定较少，使得村民自治中违法的行为得不到及时的惩治，极大地阻碍了村民自治。
（二）现行制度设计难以实现村民委员会与乡镇政府之间的较好衔接。
在很多情况下 ，乡镇政府仍然习惯于传统的命令式的管理方式 ，对村民委员会从产生到日常工作进行干预和控制 ，把村委会视同自己的行政下级或派出性机构 ，变 “指导 ”为事实上的 “领导 ”。
案例: (1)湖北省南漳县某城关镇，以“减轻农民负担”为由，擅自对全镇21个村的村委会干部进行清编整顿，其中清退村委会干部30人，清退村民小组长34人，违反了法律规定和人民群众的意愿，结果被推上了被告席。
(2) 重庆市巫山县官阳区，在1998年底至1999年初村委会换届选举中，有4名被群众推选走上村委会主任岗位的村干部，因为不是乡镇领导“圈定”的人选，上任后总是得不到区、乡主要领导的支持。1999年11月前后，这4名村委会主任，终因与直接领导发生分岐而被免职。
（三）民主选举、民主决策、 民主管理、 民主监督等民主原则不能落到实处
在民主选举方面，存在\"富农\"干政现象，有的富农利用金钱优势拉帮结
派、贿赂各级党政干部、操纵选举结果，有些地方甚至形成了独霸一方的恶势力\"自治制度\"；
在民主监督方面，村务公开监督小组形同虚设，甚至根本就没有村务公开监督小组，有些地方虽然建立了村务公开监督小组， 但是没有真正履行起职责，对于持有不同政见的村民或者村民代表提出的村务批评和建议置之不理，造成村民对村务公开产生怀疑，甚至引起群众上访。
基层群众自治制度如何改善
（一）完善村民自治立法，为农村基层群众自治制度提供法律保障
一是完善宪法规定，为村民自治提供根本法保障。
二是完善村民自治的相关法律，（1）建立村民自治的诉讼救济制度，将破坏村民自治的违法行为纳入实体法和程序法进行规范；（2）完善村民自治的行政复议救济、信访救济、行政处分救济、人大监督救济制度，通过法律来明确各救济主体及其职责、工作程序和应承担的法律责任，以发挥救济的实效。
（二）改进乡镇工作的方式方法 ，建立服务型、指导型的基层政府。
一是尊重村民自治的法律地位，尊重村民自治的权利，相信群众、依靠群众自己管好自己 ，逐步做到群众的事情由群众自己依法去办;
二是放权。（乡镇应从过去传统的统治型观念为主向现代的服务型观念转换 ， 要从过去的政治经济社会合一 ， 向以公共服务为主转变 ，从控制村级组织为主转到放手让村民自治 ，给予支持、帮助指导上来 ，凡属村民自治的事务 ，乡镇政府不越权、越位干预 ，不搞强迫行政命令; ）
三是指导和引导管理。在村民自治制度下 ， 政府对村的管理又是必要的 ， 而且应该积极提倡中国农村发展的缓慢和停滞业已证明该体制的不足与局限 ，只不过管理的方式由计划经济时代政府对村内事物的直接管理 ， 转为以村民自治为前提 ， 依法定权限和程序进行的间接管理。政府与村民自治组织具有指导与被指导、管理与被管理的双重属性。乡镇政府要运用思想教育、法律手段、行政管理、经济管理和开展服务的方式指导、帮助村委会工作 ，不干涉属于村民自治范围内的事项。村民委员会则要自觉接受乡镇政府的指导 ，依法协助乡镇政府开展工作 ，保证完成各项工作任务。
（三）发展民主选举、民主决策、民主管理、民主监督等民主原则。
明确农村村民民主决策的形式，规范村民民主决策的程序。
明确村务公开的内容，规范村务公开的形式、 时间和基本程序。国家政策要求公开的必须公开，所有收支必须逐项逐笔公布明细账目，让群众了解、监督村集体资产和财务收支情况。涉及农民利益的重大问题以及群众关心的事项要及时公开。合理设立村务公开监督小组， 建立听取和处理群众意见的制度
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