签认罪认罚书免于起诉会有案底。只要构成了犯罪就会留有案底，与是否认罪认罚没有关系， 犯罪嫌疑人 认罪认罚，符合速裁程序适用条件的，应当在十日以内作出决定。因此，认罪认罚不起诉可以依法从宽处理但也是会有案底的。
《关于建立犯罪人员犯罪记录制度的意见》(五) 明确违反规定处理犯罪人员信息的责任 负责提供犯罪人员信息的部门及其工作人员应当及时、准确地向犯罪人员信息登记机关提供有关信息。不按规定提供信息，或者故意提供虚假、伪造信息，情节严重或者造成严重后果的，应当依法追究相关人员的责任。
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