生物多样性通常有三个主要的内涵，即生物种类的多样性、基因（遗传）的多样性和生态系统的多样性，它们之间的关系一方面，生物种类的多样性的实质是基因的多样性，基因的多样性决定了生物种类的多样性，生物种类的多样性组成了不同的生态系统；而另一方面，保护基因多样性的根本措施是保护生物栖息环境，保护生态系统的多样性。
生物多样性包括物种多样性、遗传多样性和生态系统多样性。物种多样性是生物多样性最直观的体现，是生物多样性概念的核心；遗传多样性是生物多样性的内在形式，可以说每一个物种都有其独特的遗传物质，都是遗传多样性的载体；生态系统多样性是生物多样性的外在形式，保护生物多样性最有效的措施就是保护生态系统的多样性。
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