Ｖ０１．３ｌ 高等学校化学学报 Ｎｏ．４ ２０１０年４月 ＣＨＥＭＩＣＡＬ ＪＯＵＲＮＡＬ ＯＦ ＣＨＩＮＥＳＥ ＵＮＩＶＥＲＳＩＴＩＥＳ ７４２～７４５ 乙型肝炎病毒表面抗原三维结构的 同源模建及功能预测 周小平，张沐新，王广树，杨晓虹 （吉林大学药学院，长春１３００２１） 摘要结合生物信息学方法及分子模拟手段，通过同源模建方法构建了乙型肝炎病毒表面抗原（ＨＢｓＡｇ） Ｐｒｅｓｌ２的三维空间结构，并结合生物实验在分子水平上探讨了乙型肝炎病毒表面抗原Ｐｒｅｓ１２作为抗乙型肝 炎病毒重要靶标的机理．研究结果表明，ＨＢｓＡｇ三维空间结构是由构型性的Ｐｒｅｓ１和线性的Ｐｒｅｓ２组成，此 结构由疏水氨基酸形成３个 一螺旋结构及Ｌｏｏｐ结构域，并且Ｎ端由Ｐｒｅｓ！中残基构成了一个开裂，形成了 ＨＢｓＡｇ可能的活性部位．静电势分析结果证实，Ｎ端可能的活性部位具有较大的静电势分布，因而具有与受 体细胞蛋白相互作用的能力，这为ＨＢＶ病毒抑制剂药物分子的设计提供了有益帮助． 关键词 乙型肝炎；表面抗原；同源模建；分子对接；静电势 中图分类号０６２９．７ 文献标识码Ａ 文章编号０２５１ ７９０（２０１０）０４－０７４２－０４ 乙型肝炎病毒（Ｈｅｐａｔｉｔｉｓ Ｂ Ｖｉｒｕｓ，ＨＢＶ）作为慢性病毒性肝炎和肝硬化的主要致病原因，与肝癌的 发生有着密切的关系 ．２ｊ．ＨＢＶ是部分双链的ＤＮＡ病毒，病毒基因组约３．２ ｋｂ大小，含有Ｓ，Ｃ，Ｐ和 ｘ ４个开放阅读框（Ｏｐｅｎ ｒｅａｄｉｎｇ ｆｒａｍｅ，ＯＲＦ），分别编码为外膜蛋白、核壳蛋白、ＤＮＡ多聚酶和ｘ蛋 白．Ｓ区的开放阅读框又分为ｓ基因、前ｓ２区（ＰｒｅＳ２）和前ｓ１区（ＰｒｅＳ１），并各有其起始密码子ＡＴＧ． ＨＢＶ病毒吸附肝细胞膜主要与病毒外膜的３个蛋白［大蛋白（ＬＨＢｓ）、中蛋白（ＭＨＢｓ）和主蛋白 （ＳＨＢｓ）］相关，这３个蛋白分别含有各自起始密码子的氨基端，同时具有共同的羧基末端和终止密码 子．主蛋白由Ｓ基因编码，含有２２６个氨基酸；中蛋白由Ｓ及ＰｒｅＳ２基因区编码，含有２８１个氨基酸； 大蛋白由ＰｒｅＳ１，ＰｒｅＳ２和ｓ片段组成 Ｉ４』．由于ＰｒｅＳ１在不同亚型病毒中基因片段大小不同，因此大蛋 白的大小为３８９或４００个氨基酸不等．ＨＢＶ前ｓ１区在前ｓ２区上游，全序列都位于病毒颗粒外表． ＨＢＶ的ｓ蛋白含有两段信号肽序列，信号肽Ⅱ插入内质网膜，其后的亲水序列暴露在病毒颗粒表面， 是ＨＢｓＡｇ的主要抗原表位；信号肽Ｉ近氨基端插入内质网膜，其后的亲水序列保留在胞浆内，在病毒 出芽后仍在毒粒内部 ．ＰｒｅＳ１和主蛋白是构型性的，而ＰｒｅＳ２则是线性的．从病毒颗粒的构型可以看 出，ＨＢＶ大蛋白和中蛋白在肝细胞表面受体和ＨＢＶ作用时，是与细胞接触的前哨，较之主蛋白，前Ｓ 区更有可能作为病毒吸附肝细胞膜的吸附蛋白，介导病毒附着和侵入细胞．前ｓ区同时具有多种生物 学功能和较强的免疫活性，研究提示前ｓ区与病毒的感染、复制和病毒颗粒的装配密切相关，尤其在 参与病毒与宿主细胞的相互作用中发挥至关重要的作用．因此对ＰｒｅＳ１和ＰｒｅＳ２抗原及相关受体的研 究正成为ＨＢＶ与靶细胞作用研究的热点领域 Ｊ． １材料和方法 乙型肝炎病毒表面抗原（ＨＢｓＡｇ）Ｐｒｅｓ１２的氨基酸序列由１７４个氨基酸组成 ，其氨基酸序列从 ＧｅｎＢａｎｋ获得：＞ＨＢＶ ＨＢｓＡｇ ｐｒｅｓｌ２ １７４ａａｍｇａｐｌｓｔｔｒｒｇｍｇｑｎｌｓｖｐｎｐｌｇｆｆｐｄｈｑｌｄｐｌｆｒａｎｓｓｓｐｄｗｄｆｎｔｎｋｄｓｗｐｍａｎｋｖ— ｇｖｇｇｙｇｐｇｆｔｐｐｈｇｇｌｌｇｗｓｐｑａｑｇｖｈｔｌｐａｄｐｐｐａｓｔｎｒｒｓｇｒｋｐｔｐｖｓｐｐｌｒｄｔｈｐｑａｍｑｗｎｓｔｑｔｈｑａｌｌｄｐｒｖｒａｌｙｆｐａｇｇｓｓｓｇｔｑｎｐａｐｔｉａｓｈｓｓｉｆ－ ｓｋｔｇｇｐａｍｎ．用多序列比对程序ＢＬＡＳＴＰ进行序列分析比对．选择较高准确度的Ｓｗｉｓｓ Ｍｏｄｅｌ Ｓｅｒｖｅｒ程序 收稿日期：２００９－０４－２５． 基金项目：国家科技部支撑计划（批准号：２００６ＢＡ１０６Ａ１８—１９）资助． 联系人简介：杨晓虹，女，教授，主要从事药物化学及天然药物化学成分与活性方面的研究．Ｅ－ｍａｉｌ：ｘｉａｏｈｏｎｇｙａｎｇ８８＠１２６．ｃｏｒｎ Ｎ０．４ 周小平等：乙型肝炎病毒表面抗原三维结构的同源模建及功能预测 ７４３ 预测其二级结构 ，在此基础上，同时运用同源模建方法，即在蛋白质结构数据库（Ｂｒｏｏｋｈａｖｅｎ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄａｔａ Ｂａｎｋ，ＰＤＢ）中搜索同源蛋白 ” ；用同源蛋白结构叠加以确定ＳＣＲ区和Ｌｏｏｐ区；模建蛋白 与同源蛋白序列联配，以确定模建蛋白的ＳＣＲ区和Ｌｏｏｐ区；给模建蛋白ＳＣＲ区赋予空间坐标；模建 Ｌｏｏｐ区；安装侧链．使用Ｉｎｓｉｇｈｔ Ｉ１程序包构建其三维空间结构，运用分子动力学计算手段进行结构优 化，结合静电势分析等对所得平衡构型进行活性位点搜索及潜在功能分析． ２结果与讨论 ２．１序列分析比对 序列相似性搜索工具ＢＬＡＳＴＰ建立在严格的统计学基础上，广泛应用于蛋白质序列的相似性搜索 比对 ．以其对ＨＢＶ表面抗原Ｐｒｅｓｌ２氨基酸序列进行数据库搜索，结果表明，已知蛋白质结构数据 库中只有１ＣＪＨ（ＰＤＢ ＩＤ）与Ｐｒｅｓｌ２蛋白是具有一定序列同源性的蛋白质．膜蛋白非常难于分离提纯和 结晶，与几万种水溶性蛋白结构相比，膜蛋白可用的晶体结构实验数据太少，需要利用生物信息学方 法结合分子模拟手段模建和研究ＨＢｓＡｇ的Ｐｒｅｓ１２分子结构．分析序列组成的特点可知，在ＨＢｓＡｇ的 Ｐｒｅｓｌ２中，前Ｓｌ区域中的氨基酸组成多为疏水的氨基酸，具有典型的疏水区段特征，因此Ｓｌ区很有 可能形成构型性的空间三维结构，从而具有一定的活性部位与宿主细胞蛋白相互作用．ｓ２区具有较多 的亲水性基团，易形成线性的空间结构与细胞磷脂层中的Ｓ蛋白相连接． ２．２二级结构预测 选择较高准确度的Ｓｗｉｓｓ Ｍｏｄｅｌ Ｓｅｒｖｅｒ程序预测二级结构，结果如图１所示．可以看出，Ｐｒｅｓ１２的 分子结构中以Ｌｏｏｐ结构域为主，另外还有３个 一螺旋结构，且螺旋结构主要集中在分子结构的前端， 这与实验报道的Ｓ１区是构型性的及Ｓ２区是线性的相吻合 ’ ． ２．３ 三维结构模建及溶液平衡构象模拟 结合序列比对和二级结构预测结果，运用同源模建方法，使用Ｉｎｓｉｇｈｔ １Ｉ生物模拟软件程序搭建了 ＨＢｓＡｇ的Ｐｒｅｓ１２的三维空间初始结构．对于初始模建的蛋白模型，其骨架和侧基显然未能处于最优构 象，故运用分子力学和分子动力学计算手段进行三维结构优化计算．首先采取最陡下降法优化５００ ｆｓ； 再用共轭梯度法优化５００ ｆｓ；设置ｐＨ＝６．０，然后再包裹２层厚度为１ ｎｍ的水分子层，并固定外层水 分子，以保证在升温退火模拟过程中蛋白质分子在水溶液环境中有足够的构象转变空间；最后在 ＣＶＦＦ力场作用下用Ｄｉｓｃｏｖｅｒ ３模块优化 ｊ．由６００ Ｋ缓慢降至３００ Ｋ，降温梯度为１００ Ｋ，鉴于没有 较好的模建模板，所以共进行１ ｎｓ的退火模拟，每步平衡温度循环中分子动力学计算后均设置分子力 学计算 ．冷却后即在０ Ｋ条件下进行５ ｐｓ分子力学优化．能量收敛后ＨＢｓＡｇ的Ｐｒｅｓｌ２最终构象用 于后续分析结构．最终水溶液中ＨＢｓＡｇ的Ｐｒｅｓ１２平衡构象如图２所示． 优化后的构象用Ｐｒｏｆｉｌｅ３Ｄ模块进行评价 ，结果如图３所示．综合得分为６７．８２，远高于平均值 ３５．４７．由图３可以看出，大部分残基的模拟是合理的，仅有Ｈｉｓ１２８和Ｇｌｎ１２９残基模拟的合理性较差， 这可能是因为在模拟过程中这些疏水性残基未能与溶剂进行很好的隔离．但这些残基远离Ｐｒｅｓｌ２的活 性位点，所以它们的不合理模拟并不影响后续的研究．在分子动力学模拟过程中，势能随时间的变化 见图４，结果显示，体系能量收敛，体系达到平衡． ２．４活性功能分析 分子动力学研究结果表明，分子除螺旋和折叠结构外，还含有大量的无规卷曲区，即Ｌｏｏｐ区，倾 向于产生球状构象，这种球状构象具有高度的特异性，与蛋白质的生物活性密切相关．本文模建结果 及ＣＤ谱实验分析结果均显示，在Ｐｒｅｓｌ２蛋白分子结构中，Ｌｏｏｐ区占有较大比例，并且Ｃ端结构较为 灵活复杂，提示应对Ｐｒｅｓｌ２蛋白平衡构象进行可能的活性位点搜索和功能分析． 本文使用Ｉｎｓｉｇｈｔ １Ｉ软件中的Ｂｉｎｄｉｎｇ Ｓｉｔｅ模块对Ｐｒｅｓｌ２蛋白平衡构象进行活性位点搜索．在ｓ１区 搜索得到一个由十几个氨基酸残基组成的近似椭球形的三维劈裂．其中包含残基２１～４７组成的多肽， 这与实验结果一致 ＇ ．根据诱导契合原理，如果能找到一种药物，可以与这个口袋发生作用，就有 可能使ＨＢＶ病毒ＨＢｓＡｇ，甚至是整个ＨＢＶ病毒粒子发生结构乃至功能上的改变． ７４４ 高等学校化学学报 Ｖｏ１．３１ １．０ 皂０．５ ０．０ Ｓｅｃｏｎｄａｒｙ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ＣＣＣＣＣ（‘ＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣ Ｄｉｓｏｒｄｅｒ ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ ３ｌ ４ｌ ５ｌ ＭＧＡＰＬＳＴＴＲＲＧＭＧＱＮＬＳＶＰＮＰＬＧＦＦＰＤＨＱＬＤＰＬＦＲＡＮＳＳＳＰＤＷＤＦＮＴＮＫＤ ｌ・Ｏ 星０．５ Ｏ ０ Ｓｏ￣ｏｎｄａ￣ｙ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣ｛ｌ ｌＥ ■ＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＨＨ Ｄｉｓｏｒｄｅｒ ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ ５１ ６１ ７１ ８１ ９ｌ １Ｏｌ ＳＷＰＭＡＮＫＶＧＶＧＧＹＧＰＧＦＴＰＰＨＧＧＬＬＧＷＳＰＱＡＱＧＶＬＴＴＬＰＡＤＰＰＰＡＳＴＮＲＲ １ ０广—— ———————————————————————————————————＿＝＝＝＝＿——————————————————————————————］ ●０ ２ ０ ５ 山 ０．０ Ｓｅｃｏｎｄａｒｙ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ： ＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＨＨＨＨＨＨＨＨＨＨＨＨＨＨＨＨＣＣＣＣＣＣ ＥＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣ Ｄｉｓｏｒｄｅｒ ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ： ｌ０ｌ ｌ１１ ｌ２１ ｌ３１ １４ｌ １５ｌＳＧＲＫＰＴＰＶＳＰＰＬＲＤＴＨＰＱＡＭＱＷＮＳＴＱＦＨＱＡＬＬＤＰＲＶＲＡＬＹＦＰＡＧＧＳＳＳＧＴ ２０３ｓ Ｊ９＞《 １．Ｏ ｒ———————————————————————————————————— ０ Ｏ Ｏ ０ Ｏ ８ ６ ４ ２ 童０．５ Ｏ ０ Ｓｅｃｏｎｄａｒｙ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ＣＣＣＣＣＣＣＨＨＨＨＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣ Ｄｉｓｏｒｄｅｒ ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ １５ｌ ｌ６１ ｌ７ｌ ｌ７４ ＱＮＰＡＰＴＩＡ ＳＬＴ Ｓ Ｓ Ｉ ＦＳＫＴＧＧＰＡＭＮ Ｆｉｇ．１ ＨＢｓＡｇ Ｐｒｅｓｌ２ Ｓｗｉｓｓ Ｍｏｄｅｌ Ｓｅｒｖｅｒ ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ ｒｅｓｕｌｔ ０．Ｈｅｌｉｘ（Ｈ）；ｂ．Ｅｘｔｅｎｄｅｄ （Ｅ）；Ｃ．Ｃｏｉｌ（Ｃ）． ２０ ２０ ６０ ｌＯ０ ｌ４０ ｌ８０ Ｒｅｓｉｄｕｅ ｎｕｍｂｅｒ Ｆｉｇ．２ Ｅｑｕｉｌｉｂｒｉｕｍ ｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｏｆ Ｐｒｅｓｌ２（ｐＨ＝６．０） Ｆｉｇ．３ Ｐｒｏｆｉｆｅ ３Ｄ ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ ｏｆ ｍｏｄｅｌｉｎｇ ｏｆ Ｐｒｅｓ１２ １６３．５１１ ｌ６３．５ｌ１ Ｔｉｍｅ／ｐｓ Ｔｉｍｅ／ｐｓ 一 一Ｅｌｅｃｔｒｏｓｔａｔｉｃ ｐｏｔｅｎｔｉａｌ／（ｋＪ・ｏｔｏｌ ） Ｆｉｇ．４ Ｖａｒｉａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｔｏｔａｌ ｅｎｅｒｇｙ（Ａ）ａｎｄ ｔｏｔａｌ ｐｏｔｅｎｔｉｌａ ｅｎｅｒｇｙ（Ｂ） Ｆｉｇ．５ Ｅｌｅｃｔｒｏｓｔａｔｉｃ ｐｏｔｅｎｔｉａｌ ｄｉｓｔｒｉ・ ｄｕｒｉｎｇ ｔｈｅ １００ ｐｓ ｏｆ ＭＤ ｏｎ ｔｈｅ ＨＢｓＡｇ（Ｐｒｅｓｌ２） ｂｕｔｉｏｎ ｏｆ ＨＢｓＡｇ（Ｐｒｅｓｌ２） 为了进一步探索Ｐｒｅｓｌ２的ｓ１区域潜在的活性及功能，采用Ｄｅｌｐｈｉ模块，通过有限差分方法求解 Ｐｏｓｓｉｏｎ－Ｂｏｌｔｚｍａｎｎ（Ｐ—Ｂ）方程对Ｐｒｅｓ１２分子进行静电势分析，结果如图５所示．在图５中，红色代表负 电区域，蓝色代表正电区域，白色代表中性区域．可以看出，Ｐｒｅｓｌ２分子的ｓ１区活性口袋区域为主要 静电势分布区，所含氨基酸残基显示出较大的电荷沉积，可作为结合受体的主要部位．这一活性部位 Ｏ ２ Ｎｏ．４ 周小平等：乙型肝炎病毒表面抗原三维结构的同源模建及功能预测 ６ ７ ８ ９ ｕ ７４５ 有着较强的结合受体或与其它蛋白相互作用的能力，结合同源模建和活性位点搜索结果，发现ｓ１区 三维劈裂是一个可能的活性部位，该活性口袋可能的活性残基为２１～４７肽段等，这与实验中测定的表 面抗原的活性位点一致．因此，研究结果为ＨＢｓＡｇ分子实验结构的测定提供了理论模型和参考，并验 证了实验中报道的活性残基，为ＨＢＶ病毒抑制剂药物分子的设计提供了有益的帮助． 参考文献 Ｓｏｒｅ ｉｎｓｋａｙａ Ｉ．，Ｐａｕｌｉｊ Ｗ．，Ｊａｎｓｏｎｓ Ｊ．，ｅｔ ａ１．．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏ１．Ｍｅｔｈｏｄｓ［Ｊ］，２００２，２６０（１／２）：２５１～２６１ Ｓｅｅｇｅｒ ｃ．，Ｍａｓｏｎ Ｗ．Ｓ．．Ｍｉｃｒｏｂｉａ１．Ｍｏｌｅｃｕ１．Ｂｉｏ１．Ｒｅｖ．［Ｊ］，２０００，６４（１）：５１ ８ Ｃｈｏｕｔｅａｕ Ｐ．，Ｌｅ Ｓｅｙｅｅ Ｊ．，Ｃａｎｎｉｅ Ｉ．，ｅｔ ａ１．．Ｊ．Ｖｉｒｏ１．［Ｊ］，２００１，７５（２３）：１１５６５一ｌ１５７２ Ｍｉ｜ｉｃｈ Ｄ．Ｒ．．Ｉｍｍｕｎｏ１．Ｒｅｖ．『Ｊ］．１９８７，９９：７１—１０３ ＷＡＮＧ Ｌｉａｎ—Ｙｉｎｇ（王连英），ＪＩ Ｘｉａｏ－Ｈｕｉ（纪小会），ＹＵＡＮ Ｈａｎｇ（袁航），ｅｔ ａ１．．Ａｃｔａ Ｃｈｉｍｉｃａ Ｓｉｎｉｃａ（化学学报）［Ｊ］，２００２， ６０（１２）：２１１５—２１１９ Ｄａｖｉｓ Ｈ．Ｌ．，Ｓｃｈｉｒｍｂｅｃｋ Ｒ．，Ｒｅｉｍａｎｎ Ｊ．，ｅｔ ａ１．．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅ．Ｔｈｅｒ．［Ｊ］，１９９５，６（１１）：１４４７－－１４５６ Ｇｅｉｓｓｌｅｒ Ｍ．，Ｔｏｋｕｓｈｉｇｅ Ｋ．，Ｃｂａｎｔｅ Ｃ．Ｃ．，ｅｔ ａ１．．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ［Ｊ］，１９９７，１１２（４）：１３Ｏ７一】３２０ Ｍｉｃｈｅｌ Ｍ．Ｌ．，Ｄａｖｉｓ Ｈ．Ｌ．，Ｓｃｈｌｅｅｆ Ｍ．，ｅｔ ａ１．．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ１．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ［Ｊ］，１９９５，９２（１２）：５３０７＿＿５３１１ Ｓａｍｂｒｏｅｋ Ｊ．，Ｆｒｉｔｓｃｈ Ｅ．Ｆ ，Ｍａｎｉａｔｉｓ Ｔ．．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ［Ｍ］，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ：Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，１９８９：Ｅ．５ Ｚｄｏｂｎｏｖ Ｅ．Ｍ．，Ａｐｗｅｉｌｅｒ Ｒ．．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ［Ｊ］，２００１，１７（９）：８４７—８４８ Ｗａｒｄ Ｊ．Ｊ．，Ｓｏｄｈｉ Ｊ．Ｓ．，ＭｃＧｕｆｉｆｎ Ｌ．Ｊ．，ｅｔ ａ１．．Ｊ．Ｍｏ１．Ｂｉｏ．［Ｊ］，２００４，３３７（３）：６３５－－－６４５ Ｊｏｎｅｓ Ｄ．Ｔ．．Ｊ．Ｍｏ１．Ｂｉｏ１．［Ｊ］，１９９９，２９２（２）：１９５ ０２ Ｚｈａｎｇ ｚ．，Ｓｅｈｗａ￣ｚ Ｓ．，Ｗａｇｎｅｒ Ｌ．，ｅｔ ａ１．．Ｊ．Ｃｏｍｐｕｔ．Ｂｉｏ１．［Ｊ］，２０００，７（１／２）：２Ｏ３—２１４ Ａｌｔｓｃｈｕｌ Ｓ．Ｆ，，Ｍａｄｄｅｎ Ｔ．Ｌ．，Ｓｃｈａｆｆｅｒ Ａ．Ａ．，ｅｔ ａ１．．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．［Ｊ］，１９９７，２５（１７）：３３８９－－３４０２ Ｄｉｓｃｏｖｅｒ ３ Ｕｓｅｒ Ｇｕｉｄｅ［ＣＰｊ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ ＣＡ：ＭＳＩ，Ａｅｅｅｌｙｒｓ Ｉｎｃ．，１９９９ ＧＵＯ Ｃｈｏｎｇ—Ｚｈｉ（郭崇志），ＸＵＡＮ Ｚｈｅｎ—Ｙｕ（宣振宇），ＣＨＥＮ Ｒｕｎ—Ｓｈｅｎｇ（陈润生），ｅｔ ａ１．．Ｃｈｉｎ．Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｍｏ１．Ｂｉｏ．（中国生物 化学与分子生物学报）［Ｊ］，２００２，１８（４）：４９９－－５０５ ［１７］ ＪＩＡＮＧ Ｔａｏ（江涛），ＸＵ Ｙｉｎｇ（徐鹰），ＺＨＡＮＧ Ｍｉｃｈａｅｌ Ｑ．．Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｔｏｐｉｃ ｉｎ Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（计算分子生物学前沿课 题）［Ｍ］，Ｂｅｉｊｉｎｇ：Ｔｓｉｎｇｈｕａ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ，２００２：５０３－－５２４ ［１８］ Ｌｕｔｈｙ Ｒ．，Ｂｏｗｉｅ Ｊ．Ｕ．，Ｅｉｓｅｎｂｅｒｇ Ｄ．．Ｎａｔｕｒｅ［Ｊ］，１９９２，３５６（６３６４）：８３—８５ Ｈｏｍｏｌｏｇｙ Ｍｏｄｅｌ ａｎｄ Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ Ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ Ｔｈｒｅｅ Ｄｉｍｅｎｓｉｏｎａｌ Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｏｆ ＨＢｓＡｇ ｏｆ Ｈｅｐａｔｉｔｉｓ Ｖｉｒｕｓ ＺＨＯＵ Ｘｉａｏ—Ｐｉｎｇ，ＺＨＡＮＧ Ｍｕ—Ｘｉｎ，ＷＡＮＧ Ｇｕａｎｇ—Ｓｈｕ，ＹＡＮＧ Ｘｉａｏ—Ｈｏｎｇ （Ｓｃｈｏｏｌ ｏｆＰｈａｒｍａｃｙ，Ｊｉｌｉｎ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｃｈａｎｇｃｈｕｎ １３００２１，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ Ｗｈｅｎ ｈｅｐａｔｉｔｉｓ Ｂ ｖｉｒｕｓ（ＨＢＶ）ｃｏｎｄｕｃｔ ｔｈｅ ｐｌａｎｔｉｎｇ ｐｒｏｃｅｓｓ ｉｎｔｏ ｎｏｒｍａｌ ｌｉｖｅｒ ｃｅｌｌ，ｈｅｐａｔｉｔｉｓ Ｂ ｖｉｒｕｓ ｓｕｒｆａｃｅ ａｎｔｉｇｅｎ（ＨＢｓＡｇ）ｐｌａｙｓ ａｎ ｉｍｐｏｒｔａｎｔ ｒｏｌｅ ｄｕｒｉｎｇ ｔｈｉｓ ｐｒｏｃｅｓｓ，ｂｕｔ ｉｔｓ ｃｒｙｓｔａｌ ｓｔｕｒｃｔｕｒｅ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｈａｓ ｎｏｔ ｂｅｅｎ ｒｅｐｏｒｔｅｄ ｉｎ ｔｈｅ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｄａｔａ Ｂａｎｋ．Ｉｎ ｏｒｄｅｒ ｔｏ ｍａｋｅ ｆｕｒｔｈｅｒ ｒｅｓｅａｒｃｈ ａｂｏｕｔ ｔｈｅ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ａｎｄ ｆｕｎｃｔｉｏｎ ｏｆ ＨＢｓＡｇ，ｗｅ ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｅｄ ｔｈｅ ｔｈｒｅｅ ｄｉｍｅｎｓｉｏｎａｌ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｏｆ ＨＢｓＡｇ Ｐｒｅｓｌ２ ｕｓｉｎｇ ｂｉｏｌｏｇｙ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｈｏｍｏｌｏｇｙ ｍｏｄｅｌ ｍｅｔｈｏｄｓ，ａｎｄ ｅｘｐｌｏｒｅｄ ｔｈｅ ｍｅｃｈａｎｉｓｍ ａｓ ａｎ ｉｍｐｏｒｔａｎｔ ａｎｔｉｖｉｒａｌ ｔａｒｇｅｔ ａｔ ｔｈｅ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｌｅｖｅｌ ｂｙ ｍｏｌｅｃｕ— ｌａｒ ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎ ｍｅｔｈｏｄ．Ｔｈｅ ｒｅｓｕｌｔｓ ｓｈｏｗｅｄ ｔｈａｔ ｔｈｅ ｔｈｒｅｅ ｄｉｍｅｎｓｉｏｎａｌ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｏｆ ＨＢｓＡｇ ｃｏｎｓｉｓｔ ｔｈｅ ｃｏｎｆｏｒｍａ— ｔｉｏｎａｌ Ｐｒｅｓｌ ａｎｄ ｔｈｅ １ｉｎｅａｒ Ｐｒｅｓ２．ｆｈｒｅｅ —ｈｅｌｉｘｅｓ ａｎｄ ｓｏｍｅ ｌｏｏｐ ｒｅｇｉｏｎ ｃｏｎｓｉｓｔ ｔｈｅ ｗｈｏｌｅ ｓｔｕｒｃｔｕｒｅ，ａｔ ｔｈｅ ｓａｍｅ ｔｉｍｅ．ｓｏｍｅ ａｍｉｎｏ ｒｅｓｉｄｕｅｓ ｉｎ ｔｈｅ Ｎ—ｔｅｒｍｉｎａｌ ｏｆ Ｐｒｅｓｌ ｍａｋｅ ａ ｃｌｅｆｔ ｗｈｉｃｈ ｆｏｒｍｓ ｔｈｅ ｐｏｔｅｎｔｉａｌ ａｃｔｉｖｅ ｓｉｔｅ ｄｏｍａｉｎ．Ｔｈｅ ｅｌｅｃｔｒｏｓｔａｔｉｃ ａｎａｌｙｓｉｓ ｃｏｎｆｉｒｍｅｄ ｔｈａｔ，ｔｈｅ Ｎ—ｔｅｒｍｉｎａｌ ｐｏｔｅｎｔｉａｌ ａｃｔｉｖｅ ｓｉｔｅ ｐｏｓｓｅｓｓ ｂｉｇｇｅｒ ｅｌｅｃｔｒｏ— ｓｔａｔｉｃ ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ ａｎｄ ｍａｙ ｈａｖｅ ｔｈｅ ａｂｉｌｉｔｙ ｔｏ ｉｎｔｅｒａｃｔ ｗｉｔｈ ｒｅｃｉｐｉｅｎｔ ｃｅｌｌ ｐｒｏｔｅｉｎ，ｔｈｉｓ ｓｔｕｄｙ ｗｉｌｌ ｐｒｏｖｉｄｅ ｕｓｅｆｕｌ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｆｏｒ ｔｈｅ ｄｅｓｉｇｎ ｏｆ ａｎｔｉ－ＨＢＶ ｄｒｕｇ ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ． Ｋｅｙｗｏｒｄｓ Ｈｅｐａｔｉｔｉｓ Ｂ；Ｓｕｒｆａｃｅ ａｎｔｉｇｅｎ；Ｈｏｍｏｌｏｇｙ ｍｏｄｅｌｉｎｇ；Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｄｏｃｋｉｎｇ；Ｅｌｅｃｔｒｏ—ｓｔａｔｉｃ ｐｏｔｅｎｔｉａｌ （Ｅｄ．：Ｈ，Ｊ，Ｚ）