DS ADMET_V2.5

ADMET性质预测教程

目的：采用Discovery Studio，以一组小分子化合物为实例，计算其ADMET性质并对预测结果进行分析。

所需功能和模块：Discovery Studio Visualizer client和DS ADMET。 所需数据文件：pk-test.sd。 所需时间：10分钟

前言

ADMET性质是指药物在人体内的吸收、分布、代谢、排泄和毒性等性质。如果在药物开发的早期阶段就能依据化合物的ADMET性质对先导化合物进行有针对性的选取和优化改造，这对提高药物研发的成功率以及减少药物研发后期过程中的资金浪费问题，是非常必要的。

在本教程中，我们将学习怎样在Discovery Studio中计算化合物的ADMET性质，以及对结果进行分析。

介绍

本教程中，将预测一组小分子化合物的ADMET性质，本教程包括： • •

运行ADMET性质计算流程 分析预测结果

Discovery Studio中可以计算的ADMET性质包括： • • • • • •

25摄氏度下水溶解度（aqueous solubility）

血脑屏障通透性（Blood brain barrier penetration，BBB）

细胞色素P450 2D6抑制性（Cytochrome P450 2D6 inhibition） 肝毒性（hepatotoxicity）

人类肠道吸收性（human intestinal absorption，HIA） 血浆蛋白结合率（plasma protein binding）

运行ADMET性质计算流程

1. 导入小分子化合物文件

在文件浏览器中双击打开Samples | Tutorials | QSAR | pk-test.sd文件，可以看到20个丙酮酸盐激酶抑制剂显示在pk-test -Molecule Window中。（图1）

图1 小分子化合物示意图

2. 选择计算性质，运行计算流程

在流程浏览器中，打开ADMET文件夹，双击ADMET Descriptors，打开参数浏览器。 在“Input Ligands”右边的栅格中，选择“pk-test:All”，选择所有小分子化合物。

在“ADMET Descriptors”右边栅格中勾选所有性质，此操作将计算所有小分子化合物的所有ADMET性质。（图2）

图2 “ADMET Descriptors”流程参数设置

点击流程工具栏（Protocols toolbar）中的

按钮运行作业，等待作业完成。这个作业在2.4

GHz电脑上需要不到30秒钟。

为清晰起见，从菜单栏中选择“Window | Close All”关闭不必要窗口。待作业完成后，双击作业浏览器中刚完成的作业，打开Report.htm，点击该文件中Output部分的View Results链接，打开计算的结果。

分析预测结果

结果文件（图3）中包含了计算的6种ADMET性质的数值和该数值所对应的级别，各级别所表示的含义及相应的数值范围可以在帮助文件中查看。

图3 ADMET性质计算结果示意图

下拉菜单中点击选择Help | Help Topics打开帮助文件，Contents下点击选择ADMET | Theory ADMET Descriptors，打开相关帮助文件。（图4）

图4 ADMET Descriptors帮助文件示意图

帮助文件中详细说明了ADMET性质各级别表示的含义及相应的数值范围，如下（图5）。

图5 人类肠道吸收性各级别表示的含义及相应的数值范围